Nors šventė buvo sukrikščioninta, senieji papročiai liko tie patys. Kai kuriuos jų, negalėdama išginti, Bažnyčia įtraukė į savo apeigas. Išlikę senieji elementai – vandens, ugnies, augmenijos simbolika, tokie papročiai, kaip vainikų pynimas, meilės bei vestuvių burtai, žoliavimas ir kupoliavimas, paparčio žiedo ieškojimas, laužų kūrenimas, šokinėjimas per ugnį ir pan. (išsamiau žr. Rasos). Sukrikščionintose apeigose vietoj karčių – kupolių žolynais puošiami kryžiai, per pamaldas šventinamos vaistažolės, užuot deginus gyvulines aukas, naudojami gyvulių atvaizdai, statulėlės.
Yra paprotys per Jonines spėti orą. Esą, jei Joninių naktis žvaigždėta, tai Kalėdos bus šaltos ir sniegingos. Jei Joninių naktis debesuota, tai Kalėdos bus lietingos ir vėjuotos. Jei Joninių naktis lietinga, tai Kalėdos bus sniegingos, su pūgomis. Per Jonines paprastai spręsdavo apie derlių: jei per Jonines „kubilėlis lengvai prisipildo žalnieruko (vandenuko), tai aruodėlis lengvai prisipildys grūdelio“. O „jei per Jonines saulutė greitai išdžiovina paklodėlę, tai žiemą badaus vaikai ir moteriškėlės“. Šie liaudiški spėjimai ėjo iš lūpų į lūpas šiaurinėje Žemaitijojebei pietinės Latvijos žemėse. Mokslinių tyrimų, patvirtinančių šiuos spėjimus, nebuvo atlikta, bet žemdirbiai pripažįsta, kad Joninių lietus derliui labai naudingas.